Actualités du LIPN

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Keyword - combinatoire analytique

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Tuesday 13 April 2010

Combinatoire des mots et convexité discrète

fr 

Le séminaire OCAD recevra le 13 avril Xavier Provençal (postdoctorant au LIRMM et au LAMA, Montpellier).

L’étude de la combinatoire des mots a mené à la caractérisation de nombreux langages. Certains admettent (ou sont fondés sur) une interprétation géométrique. Une caractérisation de la convexité discrète en terme de mots de Lyndon et de Christoffels sera présentée. De cette caractérisation, on déduit un test algorithmique optimal et très rapide en pratique. Également, cette vision combinatoire de la convexité discrète met en valeur la notion de « concavité minimale », une notion propre au monde discret. La structure combinatoire particulière de ces mots "non-convexes minimaux" sera également présentée.

Tuesday 6 April 2010

Minorité stochastique et de ses particularités

fr 

Le séminaire OCAD recevra le 6 avril Damien Regnault (ATER au LIF-CMI, Marseille).

Cet exposé commence par la présentation rapide de la règle Minorité stochastique et de ses particularités. Ensuite, je présenterai une application de cette règle pour modéliser la formation de quasi-cristaux.

Considérons un graphe où chaque sommet reçoit la couleur noire ou blanche. Une arête contient une erreur si elle relie deux sommets de la même couleur. Minorité est une dynamique stochastique minimisant rapidement l’énergie. Sous cette dynamique, un sommet, chosi aléatoirement et uniformément parmi l’ensemble des sommets, peut changer d’état si au moins la moitié des arêtes qui lui sont adjacentes sont erronées.. Cette dynamique est sensible à la topologie du graphe et son analyse fine s’est révélée compliquée.

En physique, dans les années 70, il était conjecturé que toutes les structures ordonnées soient périodiques. En 1984, un contre-matériaux fût découvert et reçu le nom de quasi-cristal. Dès 1974, Penrose avait présenté un structure théorique ordonnée et apériodique. Le but de notre projet est de présenter un modèle pour expliquer la formation d’une telle structure. Pour cela, nous considérons le modèle des pavages par coupe et projection (qui contient le pavage de Penrose). En définissant une notion d’erreur et d’énergie sur ces pavages, la règle Minorité procédant par flips permet de converger rapidement expérimentalement vers une structure ordonnée qui selon la famille de pavages par coupe et projection considérée est soit périodique, soit apériodique. Je présenterai nos résultats expérimentaux ainsi que notre analyse de cette dynamique pour les pavages 2 vers 1 (mots sur deux lettres).

Tuesday 30 March 2010

Algorithmique des tresses : la forme normale tournante

fr 

L’équipe OCAD accueille Jean Fromentin (ATER, Laboratoire GREYC, université de Caen).

Une tresse, est un objet géométrique composé de brins qui se croisent.. En mettant bout à bout deux tresses ayant le même nombre de brins, on obtient une nouvelle tresse. Munis de cette opération, l’ensemble des tresses à n brins forme un groupe. Une présentation, par générateurs et relations de ce groupe, est donnée en 1942 par Artin. Une tresse peut alors être vue comme une classe d’équivalence de mots de tresse. Une forme normale est alors un moyen (souvent algorithmique) de sélection pour une tresse d’une mot de tresse distingué la représentant.

L’exposé sera divisé en deux parties. La première sera consacrée à une introduction aux groupes de tresses : point de vue intuitif, structure de groupe, présentation d’Artin, problème du mot, etc. Dans la seconde, je présenterai l’objet central de mes travaux, qui est une nouvelle forme normale des tresses, dite forme normale tournante, et j’expliquerai (un peu) en quoi cette nouvelle forme est intéressante, notamment en liaison avec l’ordre de Dehornoy des tresses. Ensuite, je me concentrerai sur les aspects plus informatiques de cette approche, à savoir la construction d’automates explicites reconnaissant les formes tournantes. Seuls les idées seront présentées dans cet exposé, les détails techniques seront volontairement omis.

Tuesday 12 January 2010

Expressions booléennes aléatoires : probabilités, complexité et comparaison quantitative de logique propositionnelle

fr 

Pour son premier séminaire de l’année ce 12 janvier, l’équipe OCAD accueille Antoine Genitrini (ATER, PRISM, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines).

Écrivez une formule booléenne de manière aléatoire, construite avec des ensembles fixés de connecteurs et de littéraux. Quelle est la fonction booléenne « typique » qu’elle représente ? Quelle est la probabilité que la formule calcule la fonction Vrai ? Un littéral ? Ou une autre fonction donnée ? D’autres questions de nature un peu différente peuvent se poser : quelle est la complexité de la fonction booléenne représentée par cette formule aléatoire (i.e. la taille de la plus petite formule la représentant) ? Quelle est la complexité moyenne d’une fonction booléenne définie sur k variables ?

Ces questions mettent en avant le problème suivant : comment définir une distribution de probabilité sur les fonctions booléennes ? Les premiers articles se posant ce genre de questions ont mis en avant deux modèles de formules booléennes aléatoires, basées sur les connecteurs binaires Et/Ou, et qui engendrent une distribution (non uniforme) sur les fonctions booléennes. Ces articles n’ont répondu que très partiellement aux premières questions que j’ai évoquées. On adapte aisément ces distributions au cas de formules construites à l’aide de l’unique connecteur Implication, un des connecteurs de base d’un point de vue logique. Ce modèle de base suscite de l’intérêt car certaines formules représentant des tautologies (formule calculant toujours Vrai) en logique classique ne sont pas des tautologies en logique intuitionniste.

Dans un premier temps, j’exposerai les résultats concernant l’ensemble des fonctions booléennes construites sur l’Implication, puis j’aborderai en détail les tautologies. Dans un troisième temps, j’enrichirai le modèle de formules en utilisant plusieurs connecteurs logiques aléatoires. Enfin, je conclurai l’exposé en abordant différentes perspectives relatives à ces problèmes et sur lesquelles je travaille actuellement.

Tuesday 15 December 2009

Repliement de l'ARN : Une approche combinatoire

fr 

Pour son dernier séminaire de l’année ce 15 décembre, l’équipe OCAD accueille Yann Ponty (chargé de recherche CNRS, LIX, École polytechnique).

Historiquement, l’ADN et les protéines, aux deux extremités du dogme central de la biologie moléculaire, ont monopolisé l’attention des chercheurs en biologie, délaissant dans un premier temps l’ARN, confinée dans un rôle d’intermédiaire. Cependant, des études menées au cours de la dernière décennie sur les mécanismes de fonctionnement de ce polymère ont révélé une diversité de modes d’actions et un potentiel thérapeutique tels que deux prix Nobels ont été décernés à C. Mello/A. Z. Fire (Médecine 2006) et V. Ramakrishnan/T. A. Steitz/A. E. Yonath (Chimie 2009).

À l’échelle nanométrique des interactions moléculaires, il est possible d’analyser la fonction des molécules à travers leur géométrie, ou conformation. Dans le cas de l’ARN, la conformation fonctionnelle d’un ARN résulte de phénomènes d’appariement entre des bases complémentaires, qui provoquent un repliement global de l’ARN. Par ailleurs, des contraintes stériques permettent bien souvent de limiter l’ensemble des conformations possible à des structures simples, les structures secondaires, dans lesquels les appariements considérés sont sans croisement. On assimile alors cet ensemble à un ensemble canonique "de Boltzmann", un des objets de base de la physique statistique, ce qui permet de définir une distribution de probabilité, dite de Boltzmann, sur l’ensemble des structures secondaires réalisables. L’ensemble des conformations d’un ARN est aussi assimilable à un objet combinatoire simple, analogue d’un arbre ou encore d’une séquence bien parenthésée, et pouvant être étudié grâce à l’arsenal de la combinatoire analytique.

Après une introduction présentant les problématiques et challenge actuels de la bioinformatique de l’ARN, nous présenterons deux contributions à l’algorithmique des structures d’ARN, reposant sur une vision combinatoire de l’ensemble des conformations.

La première consiste en une analyse et une amélioration d’un algorithme d’échantillonnage statistique pour la structure d’ARN. En se basant sur une analogie avec la génération aléatoire par la méthode dite récursive, nous pratiquons une analyse de la complexité moyenne de l’algorithme, et proposons une amélioration algorithmique basée sur un parcours "Boustrophedon" proposé par Flajolet/Zimmermann/Van Cutsem 1994.

La deuxième application consiste en l’analyse d’une représentation hierarchique pour l’ensemble de Boltzmann, les RNA Shapes introduites par Giegerich/Voß/Rehmsmeier 2004.. Cette hierarchie de représentations compactes pour la structure d’ARN permet la mise en oeuvre d’approches modulaires pour l’analyse des repliements. Cependant, ces approches exigent parfois une énumération exhaustives des Shapes compatibles avec un ARN, provoquant ainsi une explosion combinatoire qu’il convient de quantifier. Pour cette raison, nous avons modélisé et énuméré celles-ci, obtenant des croissances asymptotiques en $\Theta(A^n/n^{3/2})$ pour ces représentations, avec A=1.8... (resp. A=1.3) pour la représentation la moins (resp. la plus) compacte, à comparer avec A=2.3 pour le nombre de structures secondaires de taille similaire.. Au passage, nous montrons (encore une...) bijection entre le niveau de représentation le plus compact et les mots de Motzkin.

Les travaux sur les RNA-Shapes ont été menés en collaboration avec A. Lorenz et P. Clote (Boston College).

Tuesday 8 December 2009

Motifs et classes de permutations : le point de vue des arbres de décomposition

fr 

Le séminaire OCAD accueille Mathilde Bouvel (LIAFA, université Paris VII).

Dans cet exposé, on étudie les classes de permutations, qui sont des ensembles de permutations fermés par le bas pour la relation d’ordre de motif. Je présenterai d’une part des résultats de nature algorithmique sur la recherche de motif dans les permutations, et d’autre part des résultats plutôt combinatoires sur la structure des classes de permutations. Un point commun à ces résultats est qu’ils ont été obtenus en utilisant les arbres de décomposition des permutations. Je présenterai ces objets, et illustrerai par des exemples comment ils peuvent être utilisés en combinatoire comme en algorithmique.

Tuesday 10 November 2009

MAX-2-XORSAT : approches analytiques

fr 

Le séminaire OCAD accueille Vonjy Rasendrahasina (doctorant, LIPN, université Paris 13).

Nous présentons une approche analytique du problème d’optimisation MAX-2-XORSAT basée sur la combinatoire analytique et énumérative. Dans cet exposé, nous étudions les séries génératrices liées aux configurations optimales de MAX-2-XORSAT. En combinant ces outils avec ceux d’analyse complexe, nous quantifions alors le nombre maximum de clauses satisfaisables des instances aléatoires de MAX-2-XORSAT.

Tuesday 3 November 2009

Analyse de la complexité moyenne de l’algorithme de Moore

fr 

Le séminaire OCAD accueille Julien David (doctorant, LIPN, université Paris 13).

Dans un premier temps, on présentera une méthode de génération aléatoire d’automates déterministes accessibles complets et un outil, REGAL, utilisant cette méthode. Les générateurs implantés dans REGAL permettent d’engendrer des automates de plusieurs milliers d’états et ce faisant, d’établir des conjectures crédibles sur les propriétés en moyenne des automates, ainsi que sur les algorithmes qui s’y appliquent.

Dans une deuxième partie, on présentera un résultat théorique sur la complexité moyenne de l’algorithme de Moore: si la complexité dans le pire cas de l’algorithme est connu pour être en $\mathcal{O}(n^2)$, on montrera que pour un alphabet fini arbitraire et la distribution uniforme sur l’ensemble des automates déterministes accessibles complets n états, la complexité moyenne est $\mathcal{O}(n\log n)$.

Tuesday 3 March 2009

The full counting function of Gessel walks is algebraic

fr 

Le séminaire OCAD accueille Alin Bostan (CR, INRIA Rocquencourt).

Résumé en anglais : The aim of the talk is to show how a difficult combinatorial problem has been recently solved using an experimental-mathematics approach combined with (rather involved) computer algebra techniques. More precisely, let $f(n,i,j)$ denote the number of lattice walks in the quarter plane which start at the origin, end at the point $(i,j)$, and consist of $n$ unit steps going either west, south-west, east, or north-east. In the early nineties, Ira Gessel conjectured that the sequence of excursions $f(n,0,0)$ is holonomic. We will present the computer-driven discovery and proof of the following generalization, obtained in August 2008 together with Manuel Kauers: the full generating series $F(t,x,y) = \displaystyle{\sum_{i,j,n \geq 0} f(n,i,j) x^i y^j t^n}$ is an algebraic function.

Thursday 27 November 2008

Soutenance d'habilitation de Vlady Ravelomanana

fr 

Vlady Ravelomanana soutient son HDR le 27 novembre 2008 à 14h intitulée « Graphes aléatoires, optimisation, algorithmique distribuée : approches analytiques ».

Le jury est composé de

  • Nadia Creignou (LIF -- Marseille),
  • Luc Devroye (McGill),
  • Gérard Duchamp (LIPN-P13),
  • Philippe Flajolet (INRIA),
  • Christian Lavault (LIPN-P13),
  • Rémi Monasson (LPT -- ENS),
  • Hsien-Kuei Hwang (Academia Sinica, Taipei),
  • Brigitte Vallée (GREYC - Caen).

Nous présentons un ensemble de résultats portant sur trois axes distincts, tous obtenus en utilisant des approches analytiques. Dans ces travaux, nous faisons intervenir des méthodes de combinatoire analytique et d’algorithmique. Ces outils sont utilisés pour répondre aux problèmes suivants :

  1. l’étude des composantes géantes des graphes et hypergraphes aléatoires,
  2. la transition de phase de 2–XORSAT, l’analyse en moyenne d’un algorithme exact d’optimisation, et
  3. l’élection et l’initialisation dans des réseaux radio.

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